A Politkovszkaja-ügy úgy vonul be a történelembe, mint az orosz Kennedy-gyilkosság, amelyről szintén soha nem fogjuk megtudni az igazat. Egyesek szerint Vlagyimir Putyin állt a gyilkosság mögött (ezt a tézist hirdette az azóta szintén elhunyt Alekszandr Litvinyenko), mások szerint az oroszbarát csecsen vezető, Samil Burajev érdeke volt az újságírónő halála, de olyanok is voltak, akik Putyin ellenzékében keresték a gyilkosokat, felmerült a multi milliárdos Borisz Berezovszkij neve is.

Anna Politkovszkaját hasonló pisztollyal gyilkolták meg, mint Jusenkov képviselőt. És ugyanazzal a pisztollyal, mint amellyel egy bizonyos Omarovot Dagesztánban. Ezt a pisztolyt egyszer majd múzeumban fogják mutogatni, ugyanis rendkívül érdekes története van. Meggyilkoltak vele egy Omarov nevű embert, a rendőrség lefoglalta mint tárgyi bizonyítékot, és bűnjel volt az Omarov-ügyben. Majd különös módon eltűnt a tárgyi bizonyítékok közül, és újra megöltek vele egy embert. Mit higgyünk? Keleti varázslás vagy szimpla korrupció áll a háttérben?

Talán mégis inkább korrupció, hiszen szufi szentek egyik ügyben sem bukkantak fel.

Szergej Hadzsikurbanov azt állítja, hogy a rendőrségi iratokból egyértelmű, kinél volt utoljára a fegyver, és hogy 2003-ban tűnt el. Az illető azonban soha nem hallgatták ki az eltűnt fegyver miatt. A feltételezett gyilkosokat egy volt titkosszolgálati munkatárs Szergej Hadzsikurbanov mutatta be egymásnak. Anna Politkovszkaját már hosszabb ideje szervezetten megfigyelték, mielőtt megölték volna. Szergej Hadzsikurbanov azt állította, hogy a nyomozás vezetője arra kényszerítette: valljon Berezovszkijra.

Cserébe szabad eltávozást ígért. A nyomozó arra is kérte, hogy a tanúvallomásával mártson be magas rangú csecsen hivatalnokokat. Hadzsikurbanov egyébként korábban az orosz titkosszolgálatnak dolgozott, majd a belügyminisztériumnak.

A gyilkos alakját a lépcsőházi biztonsági kamera is rögzítette, bár maga a gyilkosság nem látszik rajta. A feltételezett gyilkost, Rusztam Mahmudovot jelenleg körözik, bár a védelem felhívta rá a figyelmet, hogy sem a testalkata, sem a magassága nem egyezik meg a kamera által rögzített személyével. Arról a személyről van szó, aki huszonnégy másodperccel a gyilkosság előtt közvetlenül Politkovszkaja után lépett be a lépcsőházba.

Az ügy másik titkosszolgálati kapcsolata, Pavel Rjaguzov jelenleg is az orosz biztonsági szolgálat az FSZB (Federalnaja Szluzsba Bezapasznosztyi) kötelékében dolgozik.

A két titkos ügynököt egyébként természetesen nem gyilkosságban való bűnrészességgel vádolják, hanem csak hatáskör túllépésével. Én ugyan nem vagyok titkos ügynök, de ha egy Mahmudov nevű csecsenföldi ember azt akarná, hogy szerezzem meg neki egy híres közéleti szereplő titkosított lakcímét, én azért megkérdezném, hogy minek az neked. Túl bizalmatlan vagyok? Rjaguzovot azzal gyanúsítják, hogy a belügyminisztérium adatbázisából kikereste és átadta Anna Politkovszkaja titkosított lakcímét és személyes adatait Samil Burajev csecsen területi vezetőnek. Az előzetes nyomozás során Rjaguzov beismerte, hogy Burajev azzal a kéréssel fordult hozzá, hogy szerezze meg Politkovszkaja lakcímét. Rjaguzov átadta az újságírónő bejelentett címét, ahol azonban nem lehetett megtalálni őt.

Állítása szerint amikor Burajev a tényleges lakcímet kérte, arra kereken nemet mondott. Később Rjaguzov visszavonta a vallomását, azt állította, hogy amit mondott, nem felel meg a valóságnak. A kérdésre, hogy miért nem mondott igazat, azt felelte: "Jelenleg is az FSZB aktív munkatársa vagyok, kötelességem volt olyan választ adni, amilyet kell." Korábban azt állította, azzal zsarolták, hogy ha nem vonja vissza a vallomását, emberrablás vádjával bíróság elé állítják (egy 2002-es incidensről van szó, amikor Eduard Ponikarovot elrabolták és megverték az FSZB munkatársai). Jelenleg csak hatásköri túllépés a vád ellene.

A gyilkossággal vádolt Rusztam Mahmudovot pedig azóta sem találják.